Staffel Zwei von Berlin Station beginnt inmitten einer neuen Weltordnung, die Wurzeln geschlagen hat und sich weiter eingräbt. Als Folge der Rechten-Welle, die über Europa schwappte, steht Deutschland vor dem Abgrund einer wichtigen Wahl.

Valerie schickt Daniel und Robert auf eine diplomatische Mission nach Estland, wo sie Anzeichen einer bevorstehenden russischen Invasion finden. Daniel bleibt zurück und verschwindet. Das Team muss die Verschwörung aufklären, um ihn zurückzuholen.